Բջնին Հայաստանի հնագույն բնակավայրերից է։ Առաջին անգամ նրա մասին հիշատակում է պատմիչ Ղազար Փարպեցին։ Բջնեցի Աթիկ քահանան հայոց սպարապետ Վահան Մամիկոնյանի հավատարիմ զինակիցներից էր։

11-րդ դարում Բջնին իր շրջակայքով անցնում է Պահլավունիների իշխանական տոհմին։ Այդ ժամանակ էլ, Հովհաննես-Սմբատ թագավորի հրամանով դառնում է եպիսկոպոսանիստ ավան։

1066 թվականին կաթողիկոսական ընտրությունները տեղի են ունեցել Բջնիում։ 13-րդ դարի սկզբներին Բջնին անցնում է Զաքարյան հայ իշխանների տնօրինությանը։

1387-1388 թվականներին գյուղը ենթարկվում է Լենկթեմուրի ավերածություններին։ 1673 թ. այստեղ իջևանել է Ֆրանսիացի ճանապարհորդ Ժան Շարդենը։ 1770 թվականին Բջնի է այցելել նաև ճանապարհորդ Տուրնեֆորը։

Միջին դարերում Բջնին հայ գրչության կարևորագույն կենտրոններից էր։ Մեզ են հասել 12-17-րդ դարերի այնտեղ ընդօրինականացված հայերեն մի քանի ձեռագրեր։ Ըստ տեղեկությունների՝ Բջնի բերդը կառուցել են Պահլավունիները՝ 11-րդ դարում։ Ենթադրվում է, որ այստեղ են դրվել Բջնիի վանքում գրված բազմաթիվ ձեռագրերը։ Մեզ են հասել XII-XVII դդ. այնտեղ ընդօրինակված հայերեն մի քանի ձեռագրեր։ Միջին դարերում Բջնին հայ գրչության կարևորագույն կենտրոններից էր։ Բջնիի միջնադարյան ճարտարապետության զարդը գյուղի կենտրոնում գտնվող սբ. Աստվածածին եկեղեցին է, որը կառուցվել է Գրիգոր Մագիստրոսի պատվերով՝ 1031 թվականին։ Բջնիի արևելյան մասում` բլրի գագաթին, սրբատաշ տուֆից VIIդ. կառուցվել է Ս.Սարգիս խաչաձև գմբեթավոր եկեղեցին։ Եկեղեցու պատերին կան վիմափոր արձանագրություններ, ժայռապատկերների ոճով երկու կենդանապատկեր։ Վերանորոգվել է 1947 թվականին։